Однако, несмотря на уверения монгольской стороны о приостановке, проектные работы продолжаются. При этом даже Всемирный банк, софинансирующий проект, выразил сомнения в его экологической безопасности и склоняется к необходимости проведения углубленной экологической экспертизы. Об опасности этого проекта заявляли и международные зкологические организации.

Российские ученые опасаются, что гидроэлектростанции изменят гидрологический режим озера, так как будут зарегулированы 90% впадающих в Байкал вод Селенги. Повлияет это и на температурный режим, и на зкосистему в целом. В итоге, особенно в маловодные сезоны, крупнейшему пресноводному водоему нашей планеты может быть нанесен непоправимый ущерб, значительно превышающий потенциальную экономическую выгоду.

Кроме риска снижения объема вод, поступающих в Байкал, существует вероятность значительного ущерба заказнику «Кабанский» в дельте Селенги. Уменьшение площади испарения воды могут негативно отразиться на гнездовьях пернатых и нерестилищах рыб. Кроме того, наличие электроэнергии предполагает развитие в регионе горнорудной промышленности и риск попадания в воды Селенги, а затем в воды озера загрязняющих веществ и отходов, свойственных рудным предприятиям.

Электрознергию новых ГЭС планируется распределить между КНР и Монголией; при этом значительного дефицита электрознергии в Монголии нет. При необходимости можно увеличить поставку избыточной энергии из России; возможно усиление использования энергии солнца и ветра, имея в виду строительство солнечных и ветровых станций на просторах пустыни Гоби. Что касается потребностей Китая, то, учитывая мировой кризис и падение темпов промышленного роста в КНР, едва ли потребности эти имеют необходимость в значительном увеличении. 

Очевидна необходимость углубленного и всестороннего обсуждения проблемы с участием инициаторов и оппонентов проекта, его инвесторов, общественных организаций и государственных органов заинтересованных сторон.